
檢測范圍與變異類型:靶向覆蓋 523 個腫瘤相關(guān)基因,涵蓋單核苷酸變異(SNV)、插入缺失(Indel)、拷貝數(shù)變異(CNV)、基因融合四大變異類型,同時支持微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI)與腫瘤突變負(fù)荷(TMB)計算,單個試劑盒即可完成腫瘤分子分型所需的核心檢測內(nèi)容,無需多試劑盒組合,實驗效率提升 60%。
靈敏度與特異性:采用 “超覆蓋度探針" 設(shè)計,每堿基覆蓋 30-50 條探針,針對 FFPE 組織樣本中 0.5% VAF 的突變,檢出率穩(wěn)定達(dá) 98%,假陽性率<0.1%—— 在某三甲醫(yī)院開展的 100 例肺腺癌 FFPE 樣本檢測中,該試劑盒對 EGFR 19Del、L858R 等常見突變的檢出率與 Sanger 測序一致,對低頻突變(0.5%-1% VAF)的檢出率較傳統(tǒng)試劑盒提升 40%。
樣本兼容性:專為臨床 FFPE 樣本優(yōu)化,配備 TruSeq FFPE DNA Repair Mix 修復(fù)模塊,可修復(fù)甲醛固定導(dǎo)致的 DNA 交聯(lián)與斷裂,修復(fù)效率達(dá) 80%,支持 DNA 用量低至 40ng、RNA 用量 40-80ng,即使對降解嚴(yán)重(DNA 片段<100bp、RNA 完整性數(shù) RIN≥2.0)的 FFPE 樣本,仍能保持 85% 以上的檢測成功率,解決臨床珍貴樣本檢測難題。
靈敏度與樣本用量:基于分子標(biāo)識符(UMI)技術(shù),對血漿中 0.2% VAF 的 SNV 檢出率≥95%,分析特異性≥99.995%(針對≥0.5% VAF 小變異),僅需 4mL 血漿即可提取 20ng 循環(huán)游離 DNA(cfDNA)完成檢測 —— 在某腫瘤中心開展的結(jié)直腸癌化療療效監(jiān)測研究中,該試劑盒能穩(wěn)定捕獲治療后患者血漿中 0.15% VAF 的 KRAS 突變,較傳統(tǒng) ctDNA 試劑盒靈敏度提升 2 倍,提前 2-3 個月預(yù)警疾病進(jìn)展。
抗干擾能力:試劑體系添加血紅蛋白清除劑與游離 RNA 酶,可去除血漿中 90% 以上的血紅蛋白(避免抑制 PCR 反應(yīng))與游離 RNA(減少非特異性擴(kuò)增),在溶血樣本(血紅蛋白濃度>5g/L)中的檢測成功率仍達(dá) 90%,而傳統(tǒng)試劑盒在該條件下檢測失敗率超 50%。
檢測效率:從核酸純化到變異報告僅需 3-4 天,文庫制備可在 1 天內(nèi)完成,搭配 Illumina Dragen 二次分析流程,可自動生成突變注釋、TMB 計算、MSI 評分等結(jié)果,大幅縮短科研周期 —— 某科研團(tuán)隊利用該試劑盒,30 天內(nèi)完成 50 例胰腺癌患者的 ctDNA 動態(tài)監(jiān)測,成功篩選出 2 個與化療耐藥相關(guān)的低頻突變位點。
覆蓋均勻性與 PCR 偏差控制:采用無 PCR 擴(kuò)增的文庫構(gòu)建方式,避免高 GC 區(qū)域(如啟動子、重復(fù)序列)的擴(kuò)增偏差,在 GC 含量 40%-70% 的區(qū)域,測序覆蓋度 CV 值<8%,對人類基因組中 99.5% 的區(qū)域?qū)崿F(xiàn)有效覆蓋 —— 在黑色素瘤全基因組研究中,該試劑盒成功檢測到 TERT 啟動子(GC 含量>65%)的高頻突變,而傳統(tǒng) PCR 擴(kuò)增試劑盒因該區(qū)域擴(kuò)增效率低,漏檢率達(dá) 30%。
測序質(zhì)量與數(shù)據(jù)產(chǎn)出:支持全基因組測序深度 30×-100×,測序數(shù)據(jù) Q30 值穩(wěn)定>90%,單樣本數(shù)據(jù)量可達(dá) 90GB(30× 深度),可精準(zhǔn)檢測單核苷酸變異、插入缺失、拷貝數(shù)變異及結(jié)構(gòu)變異(如染色體易位、大片段缺失)—— 某科研團(tuán)隊利用該試劑盒構(gòu)建的肝癌全基因組突變圖譜,發(fā)現(xiàn) 2 個與肝癌轉(zhuǎn)移相關(guān)的結(jié)構(gòu)變異熱點區(qū)域,相關(guān)成果發(fā)表于《Nature Communications》。
樣本與平臺兼容性:支持新鮮冷凍組織、細(xì)胞系等高質(zhì)量 DNA 樣本,DNA 用量僅需 1μg,兼容 Illumina 全系列測序平臺,在 NovaSeq X 系列平臺上,單次運(yùn)行可處理 32-96 個樣本,單位樣本測序成本較 NextSeq 550 平臺降低 60%,適合大規(guī)模腫瘤隊列研究。
數(shù)據(jù)穩(wěn)定性與質(zhì)量:v2.5 版本試劑采用優(yōu)化的流動池設(shè)計,起始熒光強(qiáng)度提升 15%,運(yùn)行過程中信號衰減率<5%,300-cycle 高輸出試劑盒的最大數(shù)據(jù)產(chǎn)出量達(dá) 120GB,Q30 值穩(wěn)定>90%,在 150 例乳腺癌樣本的 HER2 基因擴(kuò)增檢測中,數(shù)據(jù)重復(fù)性 CV 值<3%,檢測結(jié)果與熒光原位雜交(FISH)技術(shù)一致性達(dá) 98%。
通量與運(yùn)行時間:提供高輸出與中輸出兩種試劑規(guī)格,高輸出試劑盒單次運(yùn)行可產(chǎn)生 400M 個簇,支持 8-36 個樣本的同時檢測;中輸出試劑盒可產(chǎn)生 130M 個簇,適合 4-12 個樣本的快速檢測,300-cycle 運(yùn)行時間僅需 37 小時,較傳統(tǒng)測序試劑縮短 20%,滿足科研項目的快速周轉(zhuǎn)需求。
質(zhì)控與可追溯性:試劑配備 PhiX v3 測序?qū)φ?,可實時監(jiān)控測序過程中的堿基識別 accuracy 與簇生成效率;采用射頻識別(RFID)編碼耗材,可追溯試劑生產(chǎn)批次、有效期等信息,符合《臨床基因檢測質(zhì)量管理規(guī)范》,為腫瘤臨床轉(zhuǎn)化研究提供合規(guī)性保障。
參數(shù)應(yīng)用:依托試劑盒 40ng DNA 用量、0.5% VAF 檢出率的參數(shù)優(yōu)勢,成功從 18 例降解樣本(DNA 片段<150bp)中檢測出 EGFR、ALK、ROS1 等突變,其中 3 例檢出 0.6%-0.9% VAF 的低頻 EGFR T790M 突變,為患者后續(xù)靶向治療方案調(diào)整提供依據(jù)。
研究成果:通過該試劑盒的 CNV 檢測功能,發(fā)現(xiàn) 30% 的 ALK 融合患者伴隨 MET 基因擴(kuò)增,提示這部分患者可能對 ALK 抑制劑聯(lián)合 MET 抑制劑更敏感,相關(guān)結(jié)論為臨床聯(lián)合用藥研究提供了新思路。
參數(shù)應(yīng)用:憑借試劑盒 0.2% VAF 靈敏度、4mL 血漿用量的參數(shù)特性,在治療 2 周期后,28 例患者檢測到 ctDNA 突變 VAF 下降>50%,其中 25 例后續(xù)影像學(xué)評估為疾病穩(wěn)定(SD)或部分緩解(PR);8 例患者 ctDNA VAF 持續(xù)升高,后續(xù)均出現(xiàn)疾病進(jìn)展(PD),監(jiān)測靈敏度達(dá) 92%。
研究價值:該試劑盒的 TMB 計算功能顯示,高 TMB(>20 mut/Mb)患者的化療客觀緩解率較中低 TMB 患者高 40%,為結(jié)直腸癌患者的化療療效預(yù)測提供了新的分子標(biāo)志物。
參數(shù)應(yīng)用:利用試劑盒無 PCR 偏差、高 GC 區(qū)域覆蓋均勻的優(yōu)勢,在 TERT 啟動子(GC 含量 68%)檢測到高頻突變(突變率 43%),同時發(fā)現(xiàn) 2 個新的結(jié)構(gòu)變異位點(染色體 1p36 缺失、7q34 易位),這些變異在傳統(tǒng) PCR 擴(kuò)增試劑盒的測序數(shù)據(jù)中未被檢出。
轉(zhuǎn)化意義:通過全基因組突變圖譜分析,發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)變異位點附近存在 2 個與黑色素瘤轉(zhuǎn)移相關(guān)的候選基因,為后續(xù)功能驗證研究奠定了基礎(chǔ),相關(guān)成果已申請 2 項國家發(fā)明。
