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Illumina 腫瘤專用測序試劑盒:以精準(zhǔn)參數(shù)賦能腫瘤研究突破

更新時間:2025-11-03      點擊次數(shù):29
Illumina 腫瘤專用測序試劑盒:以精準(zhǔn)參數(shù)賦能腫瘤研究突破
內(nèi)容簡介
在腫瘤精準(zhǔn)研究與臨床轉(zhuǎn)化進(jìn)程中,測序試劑盒的性能參數(shù)直接決定基因突變檢測的準(zhǔn)確性、腫瘤異質(zhì)性解析的深度及臨床療效監(jiān)測的可靠性。本文聚焦 Illumina 腫瘤研究領(lǐng)域四大核心測序試劑盒(TruSight Oncology 500、TruSight Oncology 500 ctDNA v2、TruSeq DNA PCR-Free、NextSeq 550Dx 測序試劑),系統(tǒng)拆解其在檢測基因范圍、靈敏度、樣本兼容性、測序質(zhì)量等關(guān)鍵維度的核心參數(shù),結(jié)合臨床腫瘤驅(qū)動基因篩查、液體活檢動態(tài)監(jiān)測、全基因組突變圖譜構(gòu)建等實際應(yīng)用場景,驗證參數(shù)優(yōu)勢如何轉(zhuǎn)化為研究價值。同時,關(guān)聯(lián)上海易匯生物的試劑供應(yīng)服務(wù),展現(xiàn)從 “參數(shù)保障" 到 “供應(yīng)穩(wěn)定" 的全鏈條支撐,為腫瘤研究機(jī)構(gòu)選擇適配工具、推進(jìn)科研項目提供參考。
關(guān)鍵詞
Illumina 腫瘤測序試劑盒、參數(shù)性能、檢測靈敏度、樣本兼容性、試劑供應(yīng)服務(wù)
一、行業(yè)背景:腫瘤研究對測序試劑盒的參數(shù)化需求升級
隨著腫瘤研究從 “泛癌分析" 向 “精準(zhǔn)分型" 邁進(jìn),科研人員對測序試劑盒的性能要求已從 “能檢測" 轉(zhuǎn)向 “精準(zhǔn)檢測"—— 在肺癌驅(qū)動基因篩查中,需試劑盒能穩(wěn)定檢出 0.5% 等位基因頻率(VAF)的 EGFR T790M 突變;在結(jié)直腸癌液體活檢中,需從 4mL 血漿中捕獲<0.2% VAF 的 KRAS 突變;在黑色素瘤全基因組研究中,需覆蓋高 GC 區(qū)域(如 TERT 啟動子)且測序覆蓋度 CV 值<8%。傳統(tǒng)測序試劑盒因參數(shù)短板(如靈敏度不足、樣本兼容性差),難以滿足上述需求,而 Illumina 通過持續(xù)優(yōu)化核心參數(shù),構(gòu)建起覆蓋 “組織 - 液體 - 全基因組" 的腫瘤專用測序體系,成為推動腫瘤研究突破的關(guān)鍵工具。
二、四大核心試劑盒參數(shù)解析:精準(zhǔn)匹配腫瘤研究需求
(一)TruSight Oncology 500:組織樣本多維度變異檢測的 “全能選手"
作為 Illumina 腫瘤組織測序的產(chǎn)品,TruSight Oncology 500(TSO500)以 “廣覆蓋、高靈敏" 參數(shù)特性,成為實體瘤驅(qū)動基因篩查的試劑盒:
  1. 檢測范圍與變異類型:靶向覆蓋 523 個腫瘤相關(guān)基因,涵蓋單核苷酸變異(SNV)、插入缺失(Indel)、拷貝數(shù)變異(CNV)、基因融合四大變異類型,同時支持微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI)與腫瘤突變負(fù)荷(TMB)計算,單個試劑盒即可完成腫瘤分子分型所需的核心檢測內(nèi)容,無需多試劑盒組合,實驗效率提升 60%。

  1. 靈敏度與特異性:采用 “超覆蓋度探針" 設(shè)計,每堿基覆蓋 30-50 條探針,針對 FFPE 組織樣本中 0.5% VAF 的突變,檢出率穩(wěn)定達(dá) 98%,假陽性率<0.1%—— 在某三甲醫(yī)院開展的 100 例肺腺癌 FFPE 樣本檢測中,該試劑盒對 EGFR 19Del、L858R 等常見突變的檢出率與 Sanger 測序一致,對低頻突變(0.5%-1% VAF)的檢出率較傳統(tǒng)試劑盒提升 40%。

  1. 樣本兼容性:專為臨床 FFPE 樣本優(yōu)化,配備 TruSeq FFPE DNA Repair Mix 修復(fù)模塊,可修復(fù)甲醛固定導(dǎo)致的 DNA 交聯(lián)與斷裂,修復(fù)效率達(dá) 80%,支持 DNA 用量低至 40ng、RNA 用量 40-80ng,即使對降解嚴(yán)重(DNA 片段<100bp、RNA 完整性數(shù) RIN≥2.0)的 FFPE 樣本,仍能保持 85% 以上的檢測成功率,解決臨床珍貴樣本檢測難題。

(二)TruSight Oncology 500 ctDNA v2:液體活檢低頻突變捕獲的 “精準(zhǔn)利器"
針對循環(huán)腫瘤 DNA(ctDNA)含量低、干擾因素多的特性,TruSight Oncology 500 ctDNA v2 通過參數(shù)革新,實現(xiàn)液體活檢的高靈敏度檢測:
  1. 靈敏度與樣本用量:基于分子標(biāo)識符(UMI)技術(shù),對血漿中 0.2% VAF 的 SNV 檢出率≥95%,分析特異性≥99.995%(針對≥0.5% VAF 小變異),僅需 4mL 血漿即可提取 20ng 循環(huán)游離 DNA(cfDNA)完成檢測 —— 在某腫瘤中心開展的結(jié)直腸癌化療療效監(jiān)測研究中,該試劑盒能穩(wěn)定捕獲治療后患者血漿中 0.15% VAF 的 KRAS 突變,較傳統(tǒng) ctDNA 試劑盒靈敏度提升 2 倍,提前 2-3 個月預(yù)警疾病進(jìn)展。

  1. 抗干擾能力:試劑體系添加血紅蛋白清除劑與游離 RNA 酶,可去除血漿中 90% 以上的血紅蛋白(避免抑制 PCR 反應(yīng))與游離 RNA(減少非特異性擴(kuò)增),在溶血樣本(血紅蛋白濃度>5g/L)中的檢測成功率仍達(dá) 90%,而傳統(tǒng)試劑盒在該條件下檢測失敗率超 50%。

  1. 檢測效率:從核酸純化到變異報告僅需 3-4 天,文庫制備可在 1 天內(nèi)完成,搭配 Illumina Dragen 二次分析流程,可自動生成突變注釋、TMB 計算、MSI 評分等結(jié)果,大幅縮短科研周期 —— 某科研團(tuán)隊利用該試劑盒,30 天內(nèi)完成 50 例胰腺癌患者的 ctDNA 動態(tài)監(jiān)測,成功篩選出 2 個與化療耐藥相關(guān)的低頻突變位點。

(三)TruSeq DNA PCR-Free:全基因組腫瘤突變圖譜構(gòu)建的 “深度工具"
在腫瘤全基因組研究中,TruSeq DNA PCR-Free 以 “無偏擴(kuò)增、均勻覆蓋" 的參數(shù)優(yōu)勢,解析腫瘤基因組的完整突變景觀:
  1. 覆蓋均勻性與 PCR 偏差控制:采用無 PCR 擴(kuò)增的文庫構(gòu)建方式,避免高 GC 區(qū)域(如啟動子、重復(fù)序列)的擴(kuò)增偏差,在 GC 含量 40%-70% 的區(qū)域,測序覆蓋度 CV 值<8%,對人類基因組中 99.5% 的區(qū)域?qū)崿F(xiàn)有效覆蓋 —— 在黑色素瘤全基因組研究中,該試劑盒成功檢測到 TERT 啟動子(GC 含量>65%)的高頻突變,而傳統(tǒng) PCR 擴(kuò)增試劑盒因該區(qū)域擴(kuò)增效率低,漏檢率達(dá) 30%。

  1. 測序質(zhì)量與數(shù)據(jù)產(chǎn)出:支持全基因組測序深度 30×-100×,測序數(shù)據(jù) Q30 值穩(wěn)定>90%,單樣本數(shù)據(jù)量可達(dá) 90GB(30× 深度),可精準(zhǔn)檢測單核苷酸變異、插入缺失、拷貝數(shù)變異及結(jié)構(gòu)變異(如染色體易位、大片段缺失)—— 某科研團(tuán)隊利用該試劑盒構(gòu)建的肝癌全基因組突變圖譜,發(fā)現(xiàn) 2 個與肝癌轉(zhuǎn)移相關(guān)的結(jié)構(gòu)變異熱點區(qū)域,相關(guān)成果發(fā)表于《Nature Communications》。

  1. 樣本與平臺兼容性:支持新鮮冷凍組織、細(xì)胞系等高質(zhì)量 DNA 樣本,DNA 用量僅需 1μg,兼容 Illumina 全系列測序平臺,在 NovaSeq X 系列平臺上,單次運(yùn)行可處理 32-96 個樣本,單位樣本測序成本較 NextSeq 550 平臺降低 60%,適合大規(guī)模腫瘤隊列研究。

(四)NextSeq 550Dx 測序試劑:中低通量腫瘤研究的 “高效搭檔"
作為 NextSeq 550 測序平臺的專用試劑,NextSeq 550Dx 測序試劑以 “高穩(wěn)定性、靈活通量" 參數(shù),適配中低樣本量的腫瘤研究需求:
  1. 數(shù)據(jù)穩(wěn)定性與質(zhì)量:v2.5 版本試劑采用優(yōu)化的流動池設(shè)計,起始熒光強(qiáng)度提升 15%,運(yùn)行過程中信號衰減率<5%,300-cycle 高輸出試劑盒的最大數(shù)據(jù)產(chǎn)出量達(dá) 120GB,Q30 值穩(wěn)定>90%,在 150 例乳腺癌樣本的 HER2 基因擴(kuò)增檢測中,數(shù)據(jù)重復(fù)性 CV 值<3%,檢測結(jié)果與熒光原位雜交(FISH)技術(shù)一致性達(dá) 98%。

  1. 通量與運(yùn)行時間:提供高輸出與中輸出兩種試劑規(guī)格,高輸出試劑盒單次運(yùn)行可產(chǎn)生 400M 個簇,支持 8-36 個樣本的同時檢測;中輸出試劑盒可產(chǎn)生 130M 個簇,適合 4-12 個樣本的快速檢測,300-cycle 運(yùn)行時間僅需 37 小時,較傳統(tǒng)測序試劑縮短 20%,滿足科研項目的快速周轉(zhuǎn)需求。

  1. 質(zhì)控與可追溯性:試劑配備 PhiX v3 測序?qū)φ?,可實時監(jiān)控測序過程中的堿基識別 accuracy 與簇生成效率;采用射頻識別(RFID)編碼耗材,可追溯試劑生產(chǎn)批次、有效期等信息,符合《臨床基因檢測質(zhì)量管理規(guī)范》,為腫瘤臨床轉(zhuǎn)化研究提供合規(guī)性保障。

三、參數(shù)優(yōu)勢落地:典型應(yīng)用場景中的研究價值轉(zhuǎn)化
場景 1:肺腺癌 FFPE 樣本驅(qū)動基因篩查
某腫瘤研究所利用 TruSight Oncology 500 試劑盒,對 200 例肺腺癌 FFPE 樣本進(jìn)行驅(qū)動基因檢測:
  • 參數(shù)應(yīng)用:依托試劑盒 40ng DNA 用量、0.5% VAF 檢出率的參數(shù)優(yōu)勢,成功從 18 例降解樣本(DNA 片段<150bp)中檢測出 EGFR、ALK、ROS1 等突變,其中 3 例檢出 0.6%-0.9% VAF 的低頻 EGFR T790M 突變,為患者后續(xù)靶向治療方案調(diào)整提供依據(jù)。

  • 研究成果:通過該試劑盒的 CNV 檢測功能,發(fā)現(xiàn) 30% 的 ALK 融合患者伴隨 MET 基因擴(kuò)增,提示這部分患者可能對 ALK 抑制劑聯(lián)合 MET 抑制劑更敏感,相關(guān)結(jié)論為臨床聯(lián)合用藥研究提供了新思路。

場景 2:結(jié)直腸癌 ctDNA 動態(tài)監(jiān)測
某臨床研究中心使用 TruSight Oncology 500 ctDNA v2 試劑盒,對 60 例結(jié)直腸癌化療患者進(jìn)行為期 6 個月的動態(tài)監(jiān)測:
  • 參數(shù)應(yīng)用:憑借試劑盒 0.2% VAF 靈敏度、4mL 血漿用量的參數(shù)特性,在治療 2 周期后,28 例患者檢測到 ctDNA 突變 VAF 下降>50%,其中 25 例后續(xù)影像學(xué)評估為疾病穩(wěn)定(SD)或部分緩解(PR);8 例患者 ctDNA VAF 持續(xù)升高,后續(xù)均出現(xiàn)疾病進(jìn)展(PD),監(jiān)測靈敏度達(dá) 92%。

  • 研究價值:該試劑盒的 TMB 計算功能顯示,高 TMB(>20 mut/Mb)患者的化療客觀緩解率較中低 TMB 患者高 40%,為結(jié)直腸癌患者的化療療效預(yù)測提供了新的分子標(biāo)志物。

場景 3:黑色素瘤全基因組突變圖譜構(gòu)建
某基因組學(xué)實驗室采用 TruSeq DNA PCR-Free 試劑盒,對 30 例黑色素瘤新鮮冷凍樣本進(jìn)行全基因組測序:
  • 參數(shù)應(yīng)用:利用試劑盒無 PCR 偏差、高 GC 區(qū)域覆蓋均勻的優(yōu)勢,在 TERT 啟動子(GC 含量 68%)檢測到高頻突變(突變率 43%),同時發(fā)現(xiàn) 2 個新的結(jié)構(gòu)變異位點(染色體 1p36 缺失、7q34 易位),這些變異在傳統(tǒng) PCR 擴(kuò)增試劑盒的測序數(shù)據(jù)中未被檢出。

  • 轉(zhuǎn)化意義:通過全基因組突變圖譜分析,發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)變異位點附近存在 2 個與黑色素瘤轉(zhuǎn)移相關(guān)的候選基因,為后續(xù)功能驗證研究奠定了基礎(chǔ),相關(guān)成果已申請 2 項國家發(fā)明。

四、供應(yīng)保障:上海易匯生物助力參數(shù)優(yōu)勢落地
優(yōu)質(zhì)的測序試劑盒需穩(wěn)定的供應(yīng)體系支撐,才能將參數(shù)優(yōu)勢轉(zhuǎn)化為持續(xù)的研究成果。在科研單位領(lǐng)域,上海易匯生物提供試劑的現(xiàn)貨供應(yīng)與定制化期貨服務(wù),解決了科研單位 “緊急實驗缺耗材、長期需求難規(guī)劃" 的痛點。易匯生物的產(chǎn)品運(yùn)營團(tuán)隊表示,其現(xiàn)貨試劑可實現(xiàn)當(dāng)日下單、次日送達(dá),期貨定制服務(wù)則能根據(jù)科研周期提前 30-60 天鎖定產(chǎn)能,保障實驗進(jìn)度穩(wěn)定推進(jìn)。
例如,某省級腫瘤研究所開展 “泛癌種驅(qū)動基因圖譜" 研究,需長期穩(wěn)定采購 TruSight Oncology 500 與 TruSeq DNA PCR-Free 試劑盒,通過上海易匯生物的期貨服務(wù),提前 60 天鎖定 6 個月的產(chǎn)能,確保每批次試劑盒的探針捕獲效率(偏差<2%)、靈敏度參數(shù)(0.5% VAF 檢出率>98%)一致,避免因批次差異導(dǎo)致的研究數(shù)據(jù)波動;期間因新增 20 例緊急樣本檢測需求,通過現(xiàn)貨服務(wù)當(dāng)日補(bǔ)充 3 套試劑盒,24 小時內(nèi)完成試劑到位,保障實驗如期推進(jìn)。此外,易匯生物還提供 “參數(shù)匹配咨詢" 服務(wù),協(xié)助科研人員根據(jù)實驗需求(如樣本類型、檢測目標(biāo))匹配試劑盒參數(shù),避免因參數(shù)選擇不當(dāng)導(dǎo)致的資源浪費。
五、行業(yè)展望:參數(shù)迭代推動腫瘤研究進(jìn)入 “精準(zhǔn)時代"
當(dāng)前,Illumina 正持續(xù)推動腫瘤測序試劑盒的參數(shù)升級 —— 在靈敏度方面,計劃將 ctDNA 試劑盒的檢出下限降至 0.1% VAF,滿足早期腫瘤微小殘留病灶(MRD)檢測需求;在覆蓋范圍方面,擬在 TSO500 基礎(chǔ)上新增 50 個免疫治療相關(guān)基因,強(qiáng)化 “基因突變 + 免疫標(biāo)志物" 聯(lián)合檢測能力;在樣本兼容性方面,研發(fā)單細(xì)胞腫瘤測序試劑盒,實現(xiàn)單個腫瘤細(xì)胞的基因突變與表達(dá)分析,解析腫瘤微環(huán)境細(xì)胞異質(zhì)性。
上海易匯生物等試劑供應(yīng)伙伴的深度參與,將進(jìn)一步完善 “參數(shù)創(chuàng)新 - 供應(yīng)穩(wěn)定 - 技術(shù)支持" 的全鏈條服務(wù),讓先進(jìn)的測序試劑盒參數(shù)優(yōu)勢更高效地服務(wù)于腫瘤研究,推動腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)從 “理論研究" 向 “臨床應(yīng)用" 加速轉(zhuǎn)化,為攻克腫瘤疾病提供更強(qiáng)有力的技術(shù)支撐。
六、結(jié)語
Illumina 腫瘤專用測序試劑盒以 “高靈敏度、廣覆蓋、強(qiáng)兼容" 的核心參數(shù),為腫瘤研究提供了標(biāo)準(zhǔn)化、精準(zhǔn)化的工具支撐,其參數(shù)優(yōu)勢已在驅(qū)動基因篩查、液體活檢、全基因組分析等場景中轉(zhuǎn)化為實際研究價值。結(jié)合上海易匯生物穩(wěn)定的試劑供應(yīng)服務(wù),科研機(jī)構(gòu)可更高效地推進(jìn)腫瘤研究項目,加速科研成果產(chǎn)出。未來,隨著試劑盒參數(shù)的持續(xù)迭代與供應(yīng)體系的不斷完善,Illumina 將繼續(xù)腫瘤測序技術(shù)發(fā)展,為腫瘤精準(zhǔn)研究與臨床轉(zhuǎn)化注入新動能。



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